コーヒー豆の精製は水洗式（Washed）と非水洗式（Unwashed）の２つに大きく分けられる。
収穫したコーヒーチェリー（コーヒーの赤い実）を工場の水槽に約１日入れた後、果肉を機械で取り除き、種子だけにする。
次にその種子を発酵槽に入れて、残っている果肉を発酵させた後、内果皮とともにその果肉をきれいに取り除く。種子を更に水槽に入れ水洗いし、乾燥して、脱穀（種子の固い殻パーチメントを取る。中にはコーヒー豆が通常２つ抱き合わせで入っている）。
そして研磨、サイズ分けして、出荷となる。水洗式は非常に手間のかかる作業である上、豊富な水と、充分な設備が必要。よって、水洗式の生産は、主に中南米で行われている。一般的に混入物が少なく、外見、品質等に優れていると言われている。 一般に水洗式はまろやかな味わい、非水洗式はコクの強い味わいが生まれる傾向にある。
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